A Pró-Reitoria de Planejamento e Administração (PRPA) tem como principal atribuição harmonizar a interface acadêmico-administrativa entre a Universidade e o Instituto Presbiteriano Mackenzie (IPM), sua entidade mantenedora, nos diversos processos de gestão organizacional.

Compete, ainda, à PRPA, assessorar a Reitoria nas seguintes atividades: elaboração de planejamento estratégico, controle e acompanhamento orçamentário, gestão de processos e projetos, desenvolvimento de indicadores gerenciais, acompanhamento e revisão de contratos em geral, alocação dos quadros docente e técnico-administrativo, além de mapear, supervisionar e aprimorar os demais processos acadêmico-administrativos da Universidade.

Para atender a essas atividades, a PRPA conta com o apoio de três coordenadorias e um núcleo:

• Coordenadoria de Governança Universitária e Desempenho Institucional (CGI): lida com os dados e informações necessárias para garantir a boa governança universitária;
• Coordenadoria de Logística Acadêmica e Infraestrutura (CLOG): garante o adequado fluxo de aulas, o melhor aproveitamento do espaço físico e a centralização de informações;
• Coordenadoria de Planejamento e Orçamento (CPLAN): responsável pelo controle e acompanhamento orçamentário, bem como as demais questões financeiras que envolvem as atividades universitárias;
• Núcleo de Soluções Avançadas (NSA): utiliza soluções tecnológicas e avançadas para contribuir com a melhoria contínua dos processos institucionais.