A Reitoria da Universidade Presbiteriana Mackenzie é responsável por coordenar, avaliar e superintender todas as atividades universitárias, zelando pela observância das disposições legais, estatutárias e regimentais atinentes à educação e ao ensino, à pesquisa e à extensão. É a Reitoria, por exemplo, que aprova o calendário escolar e consolida o plano geral das atividades universitárias, e que atua para fomentar a pesquisa e as atividades de extensão. Tudo isso é feito tendo como grande objetivo a busca pela excelência acadêmica com sustentabilidade, por meio de uma gestão ágil e eficaz.