A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação responde pelas políticas relativas à área de Pesquisa e de Pós-Graduação, da UPM. Nesse sentido planeja, supervisiona e acompanha as atividades dessas áreas, bem como as implantações de novos cursos de pós-graduação e as relativas à gestão da pesquisa na Universidade. Essas ações são realizadas de modo a garantir a indissociabilidade entre Ensino, Pesquisa e Extensão, e visa oferecer aos docentes e discentes uma estrutura propícia à formação científica, acadêmica e profissional.

A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, para os fins de operacionalização das atividades mencionadas, é constituída por três coordenadorias: Coordenadoria de Educação Continuada (CEC), Coordenadoria de Fomento à Pesquisa (CFP) e Coordenadoria de Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu (CPG).

A Coordenadoria de Educação Continuada superintende os cursos de Pós-Graduação Lato Sensu, de Aperfeiçoamento e de Atualização da Universidade Presbiteriana Mackenzie (UPM), coordenando um conjunto de cursos de Educação Continuada nas modalidades presencial, semipresencial e a distância, com integração das Unidades Acadêmicas da UPM.

A Coordenadoria de Fomento à Pesquisa é o órgão da PRPG responsável por coordenar todas as ações de pesquisa acadêmica (básica e aplicada) da Universidade, acompanhar projetos de pesquisa desde sua submissão até a entrega de relatórios finais e prestação de contas, bem como estimular os pesquisadores da graduação e da pós-graduação a produzirem projetos de pesquisa que possam ser submetidos às diferentes agências de fomento no Brasil e no Exterior. Também realiza ações de fomento à pesquisa propiciando a aproximação dos pesquisadores da UPM com os principais stakeholders da ciência mundial.

A Coordenadoria de Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu é responsável por coordenar e monitorar as atividades de ensino e pesquisa no âmbito da Pós-Graduação. Atualmente dispõe de 12 Programas de Pós-Graduação, que oferecem 9 cursos de mestrado acadêmico, 3 cursos de mestrado profissional, 9 cursos de doutorado acadêmico e 1 curso de doutorado profissional.

A Coordenadoria de Inovação e Tecnologias CIT tem como missão estruturar, fortalecer e gerenciar as ações institucionais associadas à inovação e empreendedorismo, atuando em três eixos: Núcleo de Inovação Tecnológica NIT responsável pela gestão do portfólio de patentes da Universidade, assessoria aos pesquisadores nos acordos de transferência de tecnologia oriunda da UPM e regulamentação interna sobre inovação e empreendedorismo. Incubadora de Empresas que busca fomentar um ambiente propício ao desenvolvimento do empreendedorismo e inovação, por meio do apoio a projetos inovadores, ajudando a alavancar e proporcionar maior competitividade para o desenvolvimento de pequenas e médias empresas. Parcerias com os setores público e privado para inovação PPI com o foco na definição de mecanismos e processos institucionais para a captação e gestão de recursos de parcerias estratégicas para inovação.