El Programa de Posgrado en Ingeniería Eléctrica e Informática está vinculado administrativamente a dos Unidades Académicas de la Universidad Presbiteriana Mackenzie (UPM): la Escuela de Ingeniería (EE) y la Escuela de Ciencias de la Computación e Informática (FCI). La Coordinación del Programa se alterna entre profesores de estas  unidades. El Coordinador es designado por el decano de la unidad, tras escuchar al Vicerrector de Investigación y Posgrados y al Vicerrector  de la universidad. La coordinación en el cuatrienio 2017-2020 estuvo a cargo de la FCI, y el Prof. Leandro Augusto da Silva fue sido designado para este período. En la normatividad de la UPM no se contempla el rol de Vice-Coordinador, sin embargo, durante el presente cuadrienio la Profa. Lucía Saito desempeñado el papel de suplente ocasional, como profesora representante de la Facultad de Ingeniería.