O Comitê Gestor é o órgão máximo deliberativo do Centro Mackenzie de Liberdade Econômica.
Tomam acento no Comitê Gestor membros do Conselho Deliberativo do Instituto Presbiteriano Mackenzie, o Reitor da Universidade Presbiteriana Mackenzie, o Diretor do Centro de Ciências Sociais e Aplicadas (CCSA-UPM) e o Coordenador do Centro Mackenzie de Liberdade Econômica.