O Programa tem um acordo de colaboração com o Instituto de Óptica de Universidade de Rochester que visa ao desenvolvimento em conjunto de projetos científicos, intercâmbio de alunos e professores e cursos de curta duração na área dispositivos fotônicos.  Os líderes dessa parceria são os professores Eunézio A. de Souza (UPM) e Wayne Knox (UOR).

O programa mantém colaboração na área de visão computacional e robótica, iniciada quando o prof. Allen Hanson orientou o doutoramento do prof. Maurício Marengoni em 2002. O prof. Hanson visitou o Mackenzie em 2012, ministrando uma palestra e mantendo discussões com vários alunos do PPGEE. 

O programa mantém colaboração com a Cornell University, USA, através da profa. Michal Lipson, cuja área de pesquisa é focada no estudo das propriedades e aplicações de estruturas nanofotônicas em silício para fabricação de circuitos integrados.

O prof. Pedro Paulo Balbi de Oliveira realizou estágio de pós-doutoramento nesta instituição e mantém uma colaboração com a profa. Paola Flocchini, que já resultou em um trabalho publicado e outro submetido.

O Projeto Latin parte do princípio que o uso dos livros didáticos editados de forma tradicional se tornarão inacessíveis para a maioria dos estudantes universitários da América Latina. O objetivo do projeto Latin é superar este obstáculo à educação em nível superior de qualidade através da criação e disseminação de uma iniciativa de livros textos oferecidos de forma colaborativa e aberta, específicos para a região. Esta iniciativa incentiva e fornece suporte aos professores da região para que eles escrevam capítulos que possam ser agregados em livros textos adequados ao sistema de ensino universitário típico da América Latina. Estes livros serão disponibilizados gratuitamente para os alunos em formato eletrônico e poderão ser impressos sem licença ou pagamento de taxas. Os professores e autores acadêmicos serão os principais usuários da solução proposta, mas os maiores beneficiados serão os alunos com baixo poder aquisitivo. A estimativa é que 4500 estudantes de 144 cursos de 9 universidades latino-americanas

O prof. Pedro Paulo Balbi de Oliveira é membro fundador do grupo de trabalho (Working Group) 1.5 do International Federation for Information Processing, cujo foco é Autômatos Celulares e Sistemas Complexos Discretos (Cellular Automata and Discrete Complex Systems), sendo o único participante brasileiro no grupo.

O Programa mantém colaboração com o Instituto de Física da Universidade de Guanajuato, México, na área de estudos sobre efeitos não-lineares de fibras ópticas microestruturadas . Os responsáveis pela colaboração são os professores Christiano de Matos (UPM) e José Luiz Lucio (UGTO).

Colaboração com o UNAM (México) e o PPGEE/CRAAM em pesquisas ionosféricas utilizando ondas de muito baixa frequências (VLF) e em pesquisas em física solar de altas frequências com supervisão de estágio doutoral de intercâmbio.

O Programa mantém, através dos professores vinculados ao Centro de Rádio-Astronomia e Astrofísica – CRAAM – colaboração com as instituições peruanas mencionadas, formalizada através de participação no projeto South America VLF NETwork (SAVNET). A colaboração inclui operações da base SAVNET localizada em Punta Lobos (Peru); pesquisas científicas colaborativas em Física da Baixa Ionosfera e sobre anomalias de propagação sub-ionosférica originadas pela atividade solar e/ou fenômenos naturais como atividade sísmica; docência de cursos de nível graduação de física solar e física da ionosfera terrestre; e orientação de alunos de graduação e pós-graduação.

O prof. Pedro Paulo Balbi de Oliveira mantém uma colaboração com o prof. Andrew  Adamatsky, diretor do International Center for Unconventional Computing, Reino Unido, que resultou em dois artigos publicados.

O Programa mantém pesquisas científicas colaborativas com o Instituto Lebedev, Rússia, no estudo da modulação do fluxo de raios cósmicos, e sua relação com fenômenos solares e atmosféricos e pesquisas científicas colaborativas em física de liberações de energia em plasmas magneto-ativos na coroa do Sol. O prof.Jean-Pierre Raulin lidera essa atividade e tem publicado alguns trabalhos com pesquisadores russos.

Esta colaboração tem por finalidade explorar as excelentes propriedades ópticas do grafeno, tanto do ponto de vista de pesquisa básica como do estudo da resposta óptica não-linear, quanto da perspectiva aplicada, com o desenvolvimento de dispositivos fotônicos e optoeletrônicos. Para este propósito, está sendo implantado um Centro de Pesquisas Avançadas em Grafeno e Nanomateriais (MackGraph), com instalações de crescimento, processamento e caracterização de dispositivos baseados em grafeno.

O Programa mantém colaboração em pesquisa com o instituto de pesquisas sueco ACREO na área de fibras ópticas especiais (que desde meados de 2012 é fomentado por um projeto de pesquisa do convênio CAPES/STINT), o que inclui visitas de docentes, principalmente o prof. Christiano de Matos que é o responsável por esta colaboração, e alunos do Programa. 

Pesquisas colaborativas são realizadas com os grupos dos profs. Y.T. Tanaka (AAJ) e S. Takahashi (UOT) na área de efeitos ionosféricos de surtos energéticos em objetos remotos como "Magnetares" ou Anomalous X-ray pulsars. O prof. Jean-Pierre Raulin é o contato na UPM.