No Colégio Agnes, o Ensino Médio tem como objetivo aprimorar a formação integral do aluno como pessoa humana, capaz de desenvolver sua capacidade de autonomia moral, intelectual e de pensamento crítico. 

Nessa etapa, a compreensão de mundo ganha mais profundidade, mediante a consolidação da capacidade de buscar informações, analisá-las e selecioná-las. Incentivamos e preparamos nossos alunos para compreender o significado das Ciências, das Letras, das Artes e do processo de transformação da sociedade, de modo a construir as competências e as habilidades necessárias ao exercício da cidadania, à preparação para as Universidades e para o mercado de trabalho.

Em 2022, o Novo Ensino Médio foi implantado no Brasil. A proposta de ensino, por área de conhecimento, estimula o aluno adolescente a buscar o seu Projeto de Vida, a fim de atingir os seus objetivos pessoais e profissionais. Dessa maneira, ao término do 3° ano do Ensino Médio, o aluno poderá decidir, com mais clareza, a sua carreira profissional.